Desde el año 2010, el PCMA realiza encuentros nacionales con el objetivo de compartir experiencias, intercambiar opiniones y tomar decisiones respecto al quehacer del programa en todas sus áreas de trabajo. Además del trabajo interno de sus miembros, el primer día se organizan jornadas de divulgación científica que son abiertas a la comunidad. En estas jornadas se exponen trabajos y comunicaciones inéditas o resúmenes ya presentados en congresos, tesis y trabajos publicados por los miembros del programa. Otra de las actividades destacadas en estos encuentros son las declaratorias sobre problemática relevantes que afectan la ciencia, la educación y la conservación de la biodiversidad.